Situa-se na confluência dos rios Tapajós e Amazonas, na Mesorregião do Baixo Amazonas. Conhecida poeticamente como "Pérola do Tapajós".

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A presença europeia na região da foz do rio Ipixuna, atual Tapajós, tem início em meados de 1542. É uma das mais antigas e culturalmente significativas cidades do Pará. 

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A região que compreende Santarém e Alter do Chão eram habitadas pelos povos indígenas Tapajó.​

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